清初，顺治皇帝亲自下令改编《鸣凤记》。康熙初年，清廷就设立了专管戏曲演出的南府，康熙皇帝不仅在京城看，出巡也不放过看戏的机会。年，他第一次南巡到江南，一到苏州就先看昆剧，一连看了二十出戏。这还不算，有时要连续看戏直到夜深，第二天一早，竟还要到虎丘去听曲，一直到日中。到他第五次南巡，几乎是每日非戏不宴。并效命周样钰、张照等编演规模宏大的系列宫廷大戏。
像《劝善金科》《升平宝筏》《鼎峙春秋》《忠义璇图》《昭代箫韶》《封神天榜》《楚汉春秋》《兴唐外史》《铁骑阵》《阐道除邪》等，多达十几部，而且每部戏都有十本二百四十出左右，真不愧是鸿篇巨制。这些宫廷大戏，十之七八都是用昆曲演唱，余则昆、弋兼用。更为令人瞩目的是乾隆帝还萧规曹随地饮定编慕了《九宫大成南北词宫谱》，收入南北曲支，流传至今，仍是昆剧院团制曲的标准范本。
在民间，顺治年间和康熙初期，以李玉为首的苏州派剧作家创作了大量的传奇剧本，敢于触及现实矛盾斗争，很多职业昆班争相排演，在社会上产生了深远的影响，后世昆剧舞台上保留得最多的就是他们的作品。昆剧史上两部最著名的剧目：洪异的《长生殿》与孔尚任的《桃花扇》，即“南洪北孔”的代表作就诞生在此时期。前者“借兴亡之感写儿女情长”，后者“借离合之情写兴亡之感”，二剧殊途同归，都是反思家国兴亡的深沉巨作。后人称之为清代传奇的“双璧”。
职业昆班此时却兴旺发达，昆剧开始进入了以折子戏演出为主的新时代。折子戏，是从整部完整传奇中截取的最为吸引人的段落，有时是整段切分出来，有的是由前后几个散在不同出目的段落合并而成。折子戏的特点是，情节集中，结构严谨，套曲相对完整，表达思想准确，而表演则尤其值得称道，不仅技巧相对繁重，而且技艺精湛，人物搭配相得益彰，演出时间也相对紧凑，因而具有了整本戏无可比拟的优越性，被形象地比喻为“摘锦”版。
在此过程中，花部诸腔勃兴，昆剧仍能在艺术上保持着优越地位，并直接影响到近代昆剧的生存形态。雍正即位后下令，凡现职官僚不得置备家庭戏班。其后又革除教坊，改设“和声署”，虽然禁官吏家班，但不禁职业演戏，宫廷观剧之风兴盛依旧，但毕竟碍于禁令，相对收敛，倒是民间昆剧在此阶段成为了中流砥柱。乾隆七年（年）设“乐部”，专司奏乐，戏曲承应仍恢复“南府”名称。南府演出每本大戏，就需百数十人。
像喜庆事奏演祥瑞的《法宫雅奏》，万寿令节前祝寿奏演群仙神道戏《九九大庆》，还有演目连救母的《劝善金科》，演玄柴西域取经的《升平宝筏》，演三国典故的《荆峙春秋》，演梁山聚义的《忠义璇图》等。这些“大戏”长至每本百余出、数百出之多，皇亲国戚不过是见人见景看排场，作为调剂，便将《山门》《北钱》《回回》《思凡》《下山》等具有有趣情节和高超表演艺术的流行折子戏穿插其间，使之得以保留。即使在宫延，除了演出“大戏”以外，也是要演折子戏的。
乾隆皇帝曾将首次南巡带回的“新小班”，和原在南府的大班、小班昆伶集合起来，安排在景山内垣，也就是苏州梨园供奉的居所，俗称“苏州巷”。这时期，文人创作“屏绝俚鄙”，追求尚“雅”，逐渐与普通观众疏离。仅有经过多次改编的如《雷峰塔》稍有例外。明末清初到乾隆中叶，昆剧的演出已经进入了折子戏竞演时代。在这时期，全本戏中的部分折子经过历代艺人的多次加工提高，逐步形成昆剧折子戏独特的表演艺术体系，使昆剧走向另一种性质的繁荣。乾隆中叶起，开始出现规模较大、影响深远的编、集昆曲折子戏的选本。
全面反映乾隆中叶折子戏的面貌和时代特色的选本，即清代钱德苍搜集编辑的《缀白裘》，收入88部作品的出折子戏，另外还兼收其他地方戏30余种59出，编为12集48卷。《缀白裘》的问世，标志着昆剧全本戏演出的衰亡，进入折子戏演出兴盛的新阶段。从年后到年前，崇尚清曲的昆曲和舞台表演为主的昆剧都在社会的巨大动荡之中勉力支撑，星散各地的曲家、曲社、班社艺人成为鲁殿灵光，文化人、艺人不约而同的自觉意识，使他们不顾一切、倾其所有、前仆后继，保留下一脉昆曲昆剧的火种，实属难能可贵。