《桃花扇》一剧，侯方域、李香君的爱情线索贯穿始终，以他们的悲欢离合，勾连起形形色色的人物的活动和命运。所谓“借离合之情，写兴亡之感”，是《桃花扇》自序的主题。然而，“兴亡之感”感的是什么？各路人马争论不休，概括起来，主要有以下四种说法：
民族意识说
这种观点认为《桃花扇》开篇虽然先“颂圣”，但孔尚任已无再为清王朝效忠的意图，而全剧流露出强烈的民族意识才是其真正的艺术张力。
洪昇在淮扬任上，见到了现实生活的磨难，这就冲刷了他的颂圣意识。他到扬州和南京亲自访问了南明的遗民和遗迹，不仅获得了侯方域和李香君离合之情与南明兴亡的题材细节，而且引发了民族意识的觉醒。在他回到北京以后，看到太平国的昆班新戏，促使《桃花扇》进入了定稿阶段。
从剧作的主观命意来分析，作者徘徊在“吊明”与“颂圣”的矛盾中，为了“吊明”，他不得不先行“颂圣”，以免遭到文字狱的祸害。但客观意蕴却突破了主观命意的束缚，广大读者受到艺术感染的是亡明痛史激发出来的民族情绪。
拥护清廷说
这种观点认为孔尚任所要惩创的乃是清王朝君民之心，他希望清王朝以南明灭亡的痛史为借鉴，避免由“盛世”变为“末世”。唯其如此，他要尽力写出这段历史的真实情况，这便是他历数“人”、“事”、“年”、“地”的含义。
这种观点认为“反清说”不成立，孔尚任在淮扬期间交游遗民、凭吊遗迹，并没有受到“爱国思想”的“洗礼”。从孔尚任与康熙的关系看，他们一直保待密切的君臣关系。康熙南巡，视察海口工程，孔尚任在淮扬任上迎驾送驾面君，并得到康熙赐宴一盒，赐果饼四盘的恩赏。孔尚任对此备感荣耀，写诗歌颂康熙道：
淮烟淮水万民迎，飞放兰挠夜不惊。天马逍遥官路大，黄河恬静御桥平。公然衰冕看花立，竟许渔樵近杖行。最是光辉人队里，龙颜喜顾唤臣名。
可见遗老、遗迹的影响并没有使孙尚任心目中换“主”。由淮扬返京继续任职时，康熙又命令孔尚任归曲阜，摹御书“万世师表”匾额。这在当时视为盛事，多人写诗称颇。不久，曲阜孔庙落成，康熙派皇子允祉前往告祭。孔尚任与衍圣公又一同迎送皇子，并得到皇子赐坐、赐茶。所有这些，都表现康熙与孔尚任亲密的君臣关系没有改变；孔尚任对康熙的态度未变。
悼明拥清说
这种观点认为：
“《桃花扇》回避了明末清初国内民族矛盾的具体描写，却不等于作者无视当时的民族斗争”。《桃花扇》揭露权奸误国的本质，是有利于表明清朝统治中国的合理性，从根本上说为了巩固清朝的统治。但戏剧流露出明显的民族情绪，又有着适应清统治需求的一面。
如在《桃花扇》里，作者怀着深沉的感情，歌颂了抗清英雄史可法。在南明残局危如累卵的时候，史可法鞠躬尽瘁，独立支撑。《誓师》一场，孔尚任写他面对着动摇的三军，痛哭流涕，竟至哭出血泪。在《沉江》一场，他觉得“江山换主，无可留恋”，从容脱下官服，投江自杀。这些场景，展示了史可法忠于明朝的一片丹心，以及坚决抗清的意志，感人至深。
然而，上述细节，都是出于作者的虚构，与史实并不相符。在这里，作者不惜违背所谓“有凭有据，全无假借”的声明，想方设法避开史可法和清兵格斗不幸阵亡这一极难处理的场面，目的是要让坚持抗战的英雄形象，深深地印在观众的脑海里。
洪昇在《桃花扇》中写道：“那热闹局就是冷淡的菜根，爽快事就是牵缠的枝叶。”历史的经验，使孔尚任忧心仲仲，生怕他所依附的清王朝，有可能重蹈覆辙。在治河期间，孔尚任看到了统治阶级内部的互相倾轧，严酷的现实，改变了他出山时盲目乐观的情绪。他对朋友说：“仆阅时事，较当年有天渊之异”。
至于导致朝政日非的原因，他认为是由于朝堂上出现权奸，为此，他主张在经济上“锄豪强，察利弊，减役均赋”，在政治上则要“除大猾”。大猾就是权奸。
孔尚任创作《桃花扇》动机之一，正是要通过揭露南明时期权奸结党营私，贪财枉法的罪行，引起人们对现实生活中的权奸的警惕和憎恨。毫无疑问，孔尚任所谓“惩创人心，为末世之一救”云云，从根本上来说，是要巩固清朝的统治。
历史沉思说
这种观点指出，任何亡国经验的总结，都是对新王朝而言，旧王朝已经灭亡，不存在吸取经验教训的主体了。孔尚任构思《桃花扇》的时代，距清兵平定浙江的鲁王政权、福建的唐王隆武政权、广州的绍武政权，都已经三十来年了；距南明最后一个政权永历帝的被俘，也将近二十年；若以成书而论，则距清兵攻克台湾也已育十六年的时间。
清王朝的统治已经巩固，朱明王朝再没有死灰复燃的可能。如果我们认为《桃花扇》的主旨是在总结亡国经验，我们就不得不承认—孔尚任是在为清王朝的长治久安出谋献策。而这，却又与剧中显而易见的悼明感情相矛盾。舞台上多次演出哭祭崇祯的场面，被清人李慈铭认为是“皆东塘自为之”。
所以，他不可能是悼明或者是拥清，而是一种历史的反思。
“《桃花扇》的深沉之处，只在于它摆脱了浅层次的功利行为，表现了时代的思考时代的情绪，蕴涵了比‘历史目的’更深的‘哲学性’”。
《桃花扇》追求的是富有哲学性的悲剧目的而不是历史目的。孔尚任只是借历史的框架抒写“天崩地解”历史巨变之后对士林群体人格的反思，成为吴敬梓的先导；对等级制度的怀疑动摇，士大夫支撑着封建的大厦，是社会的栋梁，但这栋梁已支撑不住倾斜的大厦了。
孔尚任不是要重建社会人格，为社会提供疗治的药方，他意识到传统道德已无力挽救社会的危亡。孔尚任是在用心灵感悟历史，借历史抒写心灵，写对人生对历史对社会的探求，充满天才孤寂之感和痛苦的沉思。